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MSA首诊误诊率高达96.2%，三级医院首诊误诊率达92.9%。原因可能包括疾病本身因素，以及非神经科医生对该病认识不足。
自主神经功能障碍是诊断MSA的必备症状，75%的MSA患者主诉与自主神经功能障碍有关，84%的首发症状或早期表现中包含明显的自主神经表现，通常是男性阳痿、排尿困难和女性排尿障碍。这些症状往往因为不被认识而被患者忽视，或最初就诊于泌尿外科或其他内科误诊为其他疾病。
临床上对于MSA过分重视其运动受累症状出现的时间，而对其非运动症状(自主神经功能障碍及其他非随意运动症状)出现的时间及症状关注不够，因此，导致以非运动症状为早期表现、而运动症状尚不明显的MSA容易被误诊或漏诊。
排尿障碍的MSA患者就诊于泌尿科时，女性多误诊为尿失禁，男性多误诊为前列腺增生、排尿困难。EAS-EMG检查结合影像尿动力学检查是鉴别前列腺增生、MSA和帕金森病的重要手段。
MSA并非少见，应予以关注，对因自主神经功能障碍、共济失调、帕金森病就诊的患者需要考虑MSA的可能。这些患者出现排尿障碍时，需要综合分析，防止误诊和漏诊。
MSA总体预后不良，自主神经功能障碍等非运动症状常以疾病首发症状出现，临床上经常被忽视。随着病情进展，非运动症状出现概率高且逐渐加重，对运动症状以及患者的生活质量有重大影响。因此，对于自主神经功能障碍等非运动症状，临床上应给予重视，进行详细的观察和记录，积极进行EAS-EMG和/或US-EMG等检查，提高MSA诊断率。在出现MSA相关症状时，应进行常规的以及规范的诊断和治疗。

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